Ezután átmenetileg a Szent Mihály-templom volt a püspöki széktemplom. Ez volt az egyetlen katolikus templom a török hódoltság idejében, konzervált alapjai ma is láthatók a Március 15. téren. A mai székesegyházat és püspöki palotát a 17. század végén kezdték építeni Eszterházy püspök megbízásából, Franz Anton Pilgram monumentális tervei alapján. Migazzi Kristóf bíboros elvetette a tervet, és Isidore Canevale mesterrel új székesegyházat terveztetett, amelyet Oswald Gáspár piarista szerzetes vezetésével építettek föl. A székesegyházat 1772. augusztus 15-én szentelték föl a Nagyboldogasszony és Szent Mihály titulusára.